2012年11月1日零点南通农副产品物流中心迎来了水产交易区的正式营业，其建筑面积19000平方米，分为大棚交易区和大厅交易区。大棚区以鲜活淡水鱼和海水鱼类交易为主，大厅区则以冻品和精品水产交易为主。现水产区占地面积为14778.41㎡，平均日交易额150多万、交易量300吨。